яңалыклар

Соңгы дистә елда ген эзләү технологиясе яман шеш авыруларын тикшерүдә һәм клиник практикада киң кулланылды, яман шешнең молекуляр үзенчәлекләрен ачу өчен мөһим коралга әйләнде. Молекуляр диагностика һәм максатчан терапиядә алга китеш шешнең төгәл терапия төшенчәләрен үстерергә ярдәм итте һәм шеш диагностикасы һәм дәвалау өлкәсенә зур үзгәрешләр китерде. Генетик тест рак куркынычын кисәтү, дәвалау карарларын кабул итү һәм прогнозны бәяләү өчен кулланыла ала, һәм пациентларның клиник нәтиҗәләрен яхшырту өчен мөһим корал. Монда без күптән түгел CA Cancer J Clin, JCO, Энн Онкол һәм башка журналларда басылган мәкаләләргә йомгак ясыйбыз, рак диагностикасында һәм дәвалауда генетик тикшерүнең кулланылышын карау.

Соматик мутацияләр һәм гермлин мутацияләре. Гомумән, яман шеш ДНК мутацияләре аркасында барлыкка килә, алар ата-аналардан мирас итеп алына ала (гермлайн мутацияләре) яки яшь белән (соматик мутацияләр). Микроб сызыгы мутацияләре тумыштан ук була, һәм мутация гадәттә организмдагы һәр күзәнәкнең ДНКсында мутацияне йөртә һәм токымга тапшырырга мөмкин. Соматик мутацияләр гаметик булмаган күзәнәкләрдә шәхесләр тарафыннан алына һәм гадәттә токымга бирелми. Гермлин да, соматик мутацияләр дә күзәнәкләрнең нормаль функциональ эшчәнлеген юкка чыгарырга һәм күзәнәкләрнең яман үзгәрүенә китерергә мөмкин. Соматик мутацияләр - яман шешнең төп йөртүчесе һәм онкологиядә иң прогнозлы биомаркер; шулай да, шеш авыруларының якынча 10 - 20 проценты гермлин мутацияләрен йөртә, бу аларның яман шеш авыруларын сизелерлек арттыра, һәм бу мутацияләрнең кайберләре терапевтик.
Шофер мутациясе һәм пассажир мутациясе. Барлык ДНК вариантлары да күзәнәк эшенә тәэсир итми. уртача күзәнәк дегерациясен башлау өчен, уртача, биш-ун геномик вакыйга, "шофер мутациясе" дип аталган. Шофер мутацияләре еш кына күзәнәк тормышы эшчәнлеге белән тыгыз бәйләнгән геннарда була, мәсәлән, күзәнәк үсешен көйләү, ДНК ремонтлау, күзәнәк циклын контрольдә тоту һәм башка тормыш процесслары, һәм терапевтик максат буларак куллану мөмкинлеге бар. Ләкин, теләсә нинди яман шештә мутацияләрнең гомуми саны шактый зур, кайбер күкрәк яман шеш авыруларында берничә меңнән алып 100 000 нән артык үзгәрә торган колоректаль һәм эндометрия яман шеш авыруларында. Күпчелек мутацияләрнең биологик әһәмияте юк, хәтта мутация кодлаштыру өлкәсендә булса да, андый әһәмиятсез мутацион вакыйгалар “пассажир мутациясе” дип атала. Әгәр дә билгеле бер шеш тибындагы ген варианты аның реакциясенә яки дәвалануга каршы булуын алдан әйтсә, вариант клиник яктан эшли.
Онкогеннар һәм шешне басучы геннар. Яман шештә еш мутацияләнгән геннарны якынча ике категориягә бүлеп була, онкогеннар һәм шешне басучы геннар. Нормаль күзәнәкләрдә онкогеннар белән кодланган протеин, нигездә, күзәнәкләр таралышын һәм күзәнәк апоптозын тыю ролен башкара, ә онкосупрессор геннары белән кодланган протеин, гадәттә, күзәнәк эшчәнлеген саклап калу өчен, күзәнәк бүленешен тискәре көйләү өчен җаваплы. Яман трансформация процессында геном мутациясе онкоген активлыгын арттыруга һәм онкосупрессор ген активлыгының кимүенә яки югалуына китерә.
Кечкенә вариация һәм структур үзгәрү. Бу геномдагы ике төп мутация төре. Кечкенә вариантлар ДНКны үзгәртәләр, бетерәләр, яисә аз санлы базалар өстиләр, шул исәптән база кертү, бетерү, рамшифифт, кодны югалту, кодон югалту мутацияләрен туктату һ.б. структур үзгәреше - зур геномны үзгәртеп кору, берничә мең нигездән хромосоманың күпчелек өлешенә кадәр булган ген сегментларын үз эченә ала, шул исәптән ген күчереп алу, хромосоманы бетерү, кабатлау. Бу мутацияләр белок функциясенең кимүенә яки көчәюенә китерергә мөмкин. Аерым геннар дәрәҗәсендәге үзгәрешләргә өстәп, геномик имзалар шулай ук ​​клиник эзләү отчетларының бер өлеше. Геномик имзаларны кечкенә һәм / яки структур үзгәрешләрнең катлаулы үрнәкләре итеп күрергә мөмкин, шул исәптән шеш мутациясе йөге (ТМБ), микросистеманың тотрыксызлыгы (MSI), һәм гомологик рекомбинация җитешсезлекләре.

Клон мутациясе һәм субклональ мутация. Клон мутацияләре барлык шеш күзәнәкләрендә бар, диагноз куялар, һәм дәвалау алга киткәннән соң калалар. Шуңа күрә, клональ мутацияләр шеш терапевтик максаты итеп кулланылырга мөмкин. Субклональ мутацияләр рак күзәнәкләренең бер өлешендә генә бар һәм диагноз башында ачыкланырга мөмкин, ләкин соңрак кабатлану белән юкка чыга яки дәваланганнан соң гына барлыкка килә. Яман шеш гетерогенлыгы бер ракта берничә субклональ мутация булуын аңлата. Шунысы игътибарга лаек, барлык киң таралган рак төрләрендә клиник әһәмиятле йөртүче мутацияләренең күпчелек өлеше клональ мутацияләр һәм рак үсеше вакытында тотрыклы булып кала. Каршылык, еш кына субклоннар белән арадашлаша, диагноз куелган вакытта табылмый, ләкин дәваланганнан соң кире кайткач барлыкка килә.

Традицион Балык Балык яки күзәнәк кариотипы хромосомаль дәрәҗәдә үзгәрешләрне ачыклау өчен кулланыла. Балык ген кушылмаларын, бетерүләрен һәм көчәйткечләрен ачыклау өчен кулланылырга мөмкин, һәм югары төгәллек һәм сизгерлек белән, ләкин үткәрү чикләнгән, мондый вариантларны табу өчен "алтын стандарт" булып санала. Кайбер гематологик яманлыкларда, аеруча кискен лейкоз, кариотип ясау диагностикалау һәм прогноз белән идарә итү өчен кулланыла, ләкин бу ысул әкренләп Балык, WGS, NGS кебек максатчан молекуляр анализлар белән алыштырыла.
Аерым геннардагы үзгәрешләрне PCR, реаль вакыттагы PCR һәм санлы тамчы PCR ачыклый ала. Бу ысуллар югары сизгерлеккә ия, кечкенә калдыклы лезонияләрне ачыклау һәм мониторинглау өчен аеруча яраклы, һәм чагыштырмача кыска вакыт эчендә нәтиҗәләргә ирешә алалар, җитешсезлеге - ачыклау диапазоны чикләнгән (гадәттә бер яки берничә генда мутацияләрне ачыклый), һәм берничә сынау мөмкинлеге чикләнгән.
Иммунохистохимия (IHC) - протеинга нигезләнгән мониторинг коралы, гадәттә ERBB2 (HER2) һәм эстроген рецепторлары кебек биомаркларның экспрессиясен ачыклау өчен кулланыла. IHC шулай ук ​​махсус мутацияләнгән аксымнарны (BRAF V600E кебек) һәм махсус ген кушылмаларын табу өчен кулланылырга мөмкин (мәсәлән, ALK кушылмалары). IHC-ның өстенлеге шунда: ул гадәти тукымаларны анализлау процессына җиңел интеграцияләнергә мөмкин, шуңа күрә ул башка тестлар белән берләшергә мөмкин. Моннан тыш, IHC субсекуляр протеин локализациясе турында мәгълүмат бирә ала. Кимчелекләр чикләнгән масштаблылык һәм югары оештыру таләпләре.
Икенче буын эзләү (NGS) NGS югары үткәргеч параллель эзләү техникасын куллана, ДНК һәм / яки РНК дәрәҗәсендәге үзгәрешләрне ачыклау. Бу ысул бөтен геномны (WGS) һәм кызыклы ген өлкәләрен эзлеклелектә кулланырга мөмкин. WGS иң киң геномик мутация турында мәгълүмат бирә, ләкин аның клиник кулланылышында бик күп киртәләр бар, шул исәптән яңа шеш тукымасы үрнәкләренә ихтыяҗ (WGS әле формалин-имобилизацияләнгән үрнәкләрне анализлау өчен яраксыз) һәм югары бәя.
Максатлы NGS эзлеклелеге тулы экзон эзлеклелеген һәм максатлы ген панелен үз эченә ала. Бу тестлар кызыклы төбәкләрне ДНК зоналары яки PCR көчәйтү көче белән баета, шуның белән кирәкле эзлеклелек күләмен чикли (бөтен экзом геномның 1-2 процентын тәшкил итә, хәтта 500 ген булган зур панельләр геномның 0,1 процентын гына тәшкил итә). Барлык экзон эзлеклелеге формалинлы тукымаларда яхшы эшләсә дә, аның бәясе югары булып кала. Максатлы ген комбинацияләре чагыштырмача экономияле һәм сынап каралган геннарны сайлауда сыгылмалы булырга мөмкинлек бирә. Моннан тыш, бушлай ДНК әйләнеше (cfDNA) яман шеш авыруларын геном анализлау өчен яңа вариант булып барлыкка килә, сыек биопси дип аталган. Яман шеш күзәнәкләре дә, нормаль күзәнәкләр дә ДНКны канга җибәрә ала, һәм рак күзәнәкләреннән чыккан ДНК әйләнешле шеш ДНК дип атала, бу шеш күзәнәкләрендә потенциаль мутацияләрне ачыклау өчен анализлана ала.
Тестны сайлау конкрет клиник проблемага бәйле. Рөхсәт ителгән терапия белән бәйле биомаркларның күбесен Балык, IHC һәм PCR техникасы белән ачыкларга мөмкин. Бу ысуллар аз күләмле биомаркларны табу өчен акыллы, ләкин алар үткәрү көчен арттыру белән ачыклауның эффективлыгын яхшыртмыйлар, һәм бик күп биомарклар табылса, ачыклау өчен тукымалар җитәрлек булмаска мөмкин. Кайбер конкрет яман шешләрдә, мәсәлән, үпкә яман шешендә, тукымалар үрнәкләрен алу авыр, һәм сынап карау өчен берничә биомаркер бар, NGS куллану яхшырак. Ахырда, анализ сайлау һәр пациент өчен сыналачак биомарклар санына һәм биомаркер өчен сыналачак пациентлар санына бәйле. Кайбер очракларда IHC / FISH куллану җитә, аеруча максат билгеләнгәндә, мәсәлән, эстроген рецепторларын, прогестерон рецепторларын һәм күкрәк яман шеш авыруларында ERBB2. Геном мутацияләрен тулырак тикшерү һәм потенциаль терапевтик максатларны эзләү таләп ителсә, NGS оешканрак һәм чыгымлы. Моннан тыш, NGS IHC / FISH нәтиҗәләре аңлашылмаган яки нәтиҗәсез булган очракларда каралырга мөмкин ..

Төрле күрсәтмәләр пациентларга генетик тикшерү үткәрергә хокуклы булырга тиеш. 2020-нче елда ESMO төгәл медицина эш төркеме алдынгы яман шеш авырулары булган пациентлар өчен беренче NGS сынау тәкъдимнәрен чыгарды, кечкенә күзәнәкле үпкә яман шеш авыруы, простат рагы, колоректаль яман шеш авыруы, аналык яман шеш авырулары үрнәкләре өчен NGS тестын тәкъдим итте, һәм 2024-нче елда ESMO күкрәк яман шешен һәм сирәк шешләрне кертергә тәкъдим итте. Ашказаны-эчәк стромаль шешләре, саркомалар, калкансыман яман шеш авырулары һәм билгесез рак кебек.
2022-нче елда, метастатик яки алдынгы яман шеш авыруларында соматик геномны тикшерү буенча АСКОның клиник фикере, метастатик яки алдынгы каты шеш авырулары булган пациентларда биомаркер белән бәйле терапия расланса, бу пациентлар өчен генетик тикшерү тәкъдим ителә. Мәсәлән, геномик тест метастатик меланома булган пациентларда BRAF V600E мутациясен тикшерү өчен үткәрелергә тиеш, чөнки бу күрсәткеч өчен RAF һәм MEK ингибиторлары расланган. Моннан тыш, генетик тикшерү дә препаратның пациентка бирелүенә ачык каршылык билгесе булса, үткәрелергә тиеш. Егфрмаб, мәсәлән, KRAS мутант колоректаль яман шештә эффектив түгел. Ген эзләү өчен пациентның яраклылыгы турында уйлаганда, пациентның физик торышы, уңайлыклары һәм шеш этаплары интеграцияләнергә тиеш, чөнки геном эзлеклелеге өчен кирәкле адымнар сериясе, шул исәптән пациент рөхсәте, лаборатория эшкәртү, эзләү нәтиҗәләрен анализлау пациенттан тиешле физик сәләт һәм гомер озынлыгын таләп итә.
Соматик мутацияләргә өстәп, кайбер яман шеш авыруларын да геннар өчен тикшерергә кирәк. Микроб сызыгы мутацияләрен сынау күкрәк, аналык, простат һәм ашказаны асты асты яман шешләрендә BRCA1 һәм BRCA2 мутацияләре кебек яман шеш авыруларын дәвалау карарларына тәэсир итә ала. Гермлин мутацияләре киләчәктә яман шеш авыруларын тикшерү һәм профилактикалау өчен дә булырга мөмкин. Гермлин мутациясен тикшерү өчен потенциаль булган пациентларга билгеле бер шартларны үтәргә кирәк, алар ракның гаилә тарихы, диагностикалау яше, яман шеш төре кебек факторларны үз эченә ала. Ләкин, микроб сызыгында патоген мутацияләрен йөртүче күп пациентлар (50% ка кадәр) гаилә тарихына нигезләнеп микроб линиясе мутацияләрен сынау традицион критерийларына туры килми. Шуңа күрә, мутация йөртүчеләрне ачыклау максатыннан, Милли Комплекслы Рак Челтәре (NCCN) күкрәк, аналык, эндометрия, ашказаны асты асты асты, колоректаль яки простат рагы белән авыручыларның барысына да микроб сызыгы мутациясен тикшерергә киңәш итә.
Генетик тикшерү вакытына килгәндә, клиник әһәмиятле йөртүче мутацияләренең күпчелек өлеше клональ һәм рак үсеше вакытында чагыштырмача тотрыклы булганга, алдынгы яман шеш диагнозы куелган вакытта пациентларга генетик тикшерү үткәрү акыллы. Киләсе генетик тикшерү өчен, аеруча молекуляр максатчан терапиядән соң, ctDNA тесты шеш тукымасы ДНКсына караганда отышлырак, чөнки кан ДНКсында барлык шеш травмаларыннан ДНК була ала, бу шеш гетерогенлыгы турында мәгълүмат алу өчен уңайлырак.
Дәваланганнан соң ctDNA анализы шешнең дәвалануга реакциясен алдан әйтә ала һәм стандарт сурәтләү ысулларына караганда авыруның үсешен ачыклый ала. Ләкин, дәвалау карарларын кабул итү өчен, бу мәгълүматларны куллану өчен протоколлар төзелмәгән, һәм клиник сынауларда булмаса, ctDNA анализы тәкъдим ителми. ctDNA шулай ук ​​радикаль шеш операциясеннән соң кечкенә калдык тән җәрәхәтләрен бәяләү өчен кулланылырга мөмкин. Операциядән соң ctDNA тесты алдагы авыруларның көчле прогнозы булып тора һәм пациентка адвивант химиотерапиядән файда китерә аламы-юкмы икәнен ачыкларга булыша ала, ләкин адвивант химиотерапия карарларын кабул итү өчен ctDNA-ны клиник сынаулардан тыш кулланырга киңәш ителми.

Мәгълүмат эшкәртү Геном эзлеклелегенең беренче адымы - пациент үрнәкләреннән ДНК чыгару, китапханәләр әзерләү һәм чимал эзләү мәгълүматлары булдыру. Чимал алга таба эшкәртүне таләп итә, шул исәптән түбән сыйфатлы мәгълүматны фильтрлау, аны геном белән чагыштыру, төрле аналитик алгоритмнар аша төрле мутацияләрне ачыклау, бу мутацияләрнең белок тәрҗемәсенә тәэсирен билгеләү, һәм микроб сызыгы мутацияләрен фильтрлау.
Шоферларның ген аннотациясе йөртүче һәм пассажир мутацияләрен аеру өчен эшләнгән. Шофер мутацияләре шешне басучы ген активлыгын югалтуга яки көчәйтүгә китерә. Шешне басучы геннарның инактивациясенә китерә торган кечкенә вариантларга мәгънәсез мутацияләр, рамшифт мутацияләре, һәм төп бүленеш мәйданнары мутацияләре керә, шулай ук ​​кодны бетерүне ешрак башлау, кодны бетерүне туктату, интрон кертү / бетерү мутацияләре. Моннан тыш, миссенс мутацияләре һәм кечкенә интрон кертү / бетерү мутацияләре шулай ук ​​мөһим функциональ доменнарга тәэсир иткәндә шешне басучы ген активлыгын югалтуга китерергә мөмкин. Шешне басучы ген активлыгын югалтуга китергән структур вариантларга өлешчә яки тулысынча ген бетерү һәм ген уку рамкасының җимерелүенә китергән башка геном вариантлары керә. Онкогеннарның көчәйтелгән функциясенә китерә торган кечкенә вариантларга миссенс мутацияләре һәм мөһим протеин функциональ доменнарын максат итеп куйган вакыт-вакыт кертү / бетерү керә. Сирәк очракларда, протеин кисү яки бүленгән урын мутацияләре онкогеннарның активлашуына китерергә мөмкин. Онкоген активлашуга китерә торган структур үзгәрешләр арасында ген кушылуы, ген бетерү һәм ген кабатлануы бар.
Геномик үзгәрешнең клиник аңлатмасы ачыкланган мутацияләрнең клиник әһәмиятен, ягъни аларның потенциаль диагностик, прогноз яки терапевтик кыйммәтен бәяли. Геномик үзгәрешнең клиник аңлатмасын алып бару өчен кулланыла торган берничә дәлилгә нигезләнгән классификация системасы бар.
Мемориал Слоан-Кеттеринг онкология үзәгенең төгәл медицина онкология базасы (ОнкоКБ) ген вариантларын наркотиклар куллануның прогноз бәясенә карап дүрт дәрәҗәгә бүлеп бирә: 1/2 дәрәҗә, FDA белән расланган, яки клиник стандарт биомарклар, расланган препаратка җавапны алдан әйтәләр; 3-нче дәрәҗә, клиник сынауларда вәгъдә биргән романлы даруларга җавапны фаразлаучы FDA белән расланган яки расланмаган биомарклар, һәм 4-нче дәрәҗә, FDA-расланмаган биомарклар, клиник сынауларда ышандырырлык биологик дәлилләр күрсәткән яңа максатчан даруларга җавапны алдан әйтәләр. Дәвалауга каршы тору белән бәйле бишенче төркем өстәлде.
Америка молекуляр патология җәмгыяте (AMP) / Америка клиник онкология җәмгыяте (АСКО) / Америка патологлары колледжы (CAP) соматик үзгәрүне аңлату өчен күрсәтмәләр соматик үзгәрешне дүрт категориягә бүлеп куялар: I класс, көчле клиник әһәмияткә ия; Потенциаль клиник әһәмияткә ия II класс; III класс, клиник әһәмияте билгесез; IV класс, клиник яктан әһәмиятле түгел. Дәвалау карарлары өчен I һәм II класс вариантлары гына кыйммәт.
ESMOның молекуляр максатлы клиник операция масштабы (ESCAT) ген вариантларын алты дәрәҗәгә бүлеп бирә: I дәрәҗә, гадәти куллану өчен яраклы максатлар; II этап, әле дә өйрәнелә торган максат, максатчан препараттан файдалана алган пациентлар санын тикшерү өчен кулланылыр, ләкин аны тәэмин итү өчен күбрәк мәгълүмат кирәк. III класс, максатчан ген вариантлары, алар башка рак төрләрендә клиник файда күрсәттеләр; IV класс, бары тик максатчан ген вариантлары, преклиник дәлилләр белән расланган; V класста мутациягә каршы торуның клиник әһәмиятен раслаучы дәлилләр бар, ләкин максатка каршы бер препаратлы терапия исән калуны озайтмый, яисә дәвалау стратегиясе кабул ителергә мөмкин; X класс, клиник кыйммәтнең булмавы.